Le programme BARCASUB doit permettre de répondre aux deux problèmes perçus comme les plus importants sur les rives du bassin d’Arcachon: le risque avéré et grandissant de submersion marine et la possible disparition des marais endigués et des marais salés, dans un contexte de changement climatique et de poursuite de la littoralisation. Il vise à résoudre ces problèmes par le recours à des modes de gestion acceptables pour tous, les gestionnaires notamment, mais aussi les élus et la population locale. Le programme étudie notamment les avantages et les inconvénients de la dépoldérisation -c’est-à-dire la réouverture de polders à la mer aumoyen de procédés variés utilisant des écluses, des brèches ou des démantèlements de digues -au regard différents modes de gestion déjà utilisés dans le bassin (surélévation des digues, renforcement par des enrochements, implantation de pieux en bois…). En effet, parmi les nombreux marais endigués des rives sud et est du bassin, certains ont déjà été dépoldérisés, soit accidentellement dans deux propriétés du Conservatoire du Littoral, soit volontairement à La Teste-de-Buch. Ainsi, le programme BARCASUB, qui associe six équipes scientifiques et quatre partenaires gestionnaires, vise à évaluer si la dépoldérisation constitue une réponse au risque de submersion marine qui serait physiquement envisageable, économiquement avantageuse et socialement acceptable.
Il s'avère au final que l'extension relativement limitée de la submersion marine sur la rive continentale de la lagune à l'horizon 2050, l'indifférence sociale à la submersion et la relative faiblesse de la vulnérabilité actuelle à l'aléa, au plan économique, poussent à réfléchir aux modalités de gestion des digues non pas sous l'angle de l'aléa en tant que tel, c'est-à-dire d'une submersion naturelle des polders et de la rive, mais davantage sous l'angle d'une submersion volontaire par la dépoldérisation.Cette proposition prend aussi en compte la restauration effective des marais qui ont été accidemment dépoldérisés au fond du bassin et les coûts élevés induits par les modes de gestion actuels. La dépoldérisation a donc été évaluée en fonction des enjeux actuellement présents dans les polders et de leur évolution en cas de submersion volontaire. Ce sont ainsi les polders en tant que "territoire" qui ont été considérés et non les polders en tant qu'espace uniquement submersible. de ce fait, des dépoldérisations limitées ont été proposées, dans le domaine de Certes, pour les unités de gestion "Branne" et "Grandes Plaines". Si la dépoldérisation de Branne présente un coût inférieur au coût actuel d'entretien des digues, avec peu d'impacts sur les enjeux et de réels effets sur l'aléa submersion, celle de Grandes Plaines n'aurait aucun impact sur l'aléa submersion et serait plutôt à envisager dans le prolongement de la réouverture de Cabanot, selon des objectifs non pas défensifs mais écologiques. À Malprat, au regard du niveau moyen des enjeux autres que cynégétiques, dans les unités EH1 et EH2, et du potentiel avéré de reconquête par un schorre, une dépoldérisation par une brèche accidentelle de ces deux unités apparaît comme un prolongement souhaitable de la dépoldérisation accidentelle déjà acceptée à la pointe de Malprat.
Les résultats de BARCASUB sont également généralisables, au plan physique et social. Le programme aura montré que la dépoldérisation apportait une réponse satisfaisante à l'aléa submersion, grâce au rôle de fournisseur local de sédiments joué par les anciennes digues rompues par une brèche, et au rôle d'atténuateur de la houle et du clapot joué par les infrastructures anthropiques et végétales restées en place dans les marais dépoldérisés. Au plan économique, une généralisation de la réflexion sur les coûts et les bénéfices de ce mode de gestion s'avère impossible au regard de la diversité des contextes à considérer dans chaque étude de dépoldérisation. Au plan social a contrario BARCASUB aura confirmé que des dépoldérisations contrôlées (via une écluse) sont plus appréciées que des dépoldérisations par brèche ou démantèlement. Le programme confirme aussi que les politiques mises en place doivent viser en priorité certaines catégories de populations pour mieux convaincre de l'intérêt de la dépoldérisation (les populations locales, les populations résidant près des polders, les usagers des polders, les anciens de la commune), en leur apportant une information qu'elles ne sont pas en mesure de connaître (car les opposants à la dépoldérisation sont généralement peu diplômés) et qu'il faudrait centrer sur des phénomènes qu'elles méconnaissent le plus : à savoir les risques littoraux et les moyens d'y répondre. C'est en partie à cette condition qu'une dépoldérisation jugée non acceptable au démarrage d'un projet pourrait progressivement le devenir, en veillant toutefois à conduire une véritable concertation au cours du processus participatif mis en place -celle-ci étant à envisager comme l'établissement d'un "projet de territoire" face à des revendications elles-mêmes territorialisées.